Em outubro de 1986, a imprensa britânica começou a noticiar que Mercury havia sido diagnosticado como portador do vírus da AIDS em uma clínica da rua Harley, e uma repórter do The Sun perguntou ao cantor a respeito quando ele desembarcou em um aeroporto voltando de uma viagem ao Japão, e ele negou o boato. De acordo com o parceiro de Freddie, Jim Hutton, o cantor foi diagnosticado soropositivo em abril de 1987, mas decidiu negar todos os boatos sempre que questionado
Em seus últimos dias, Freddie perdeu a visão e não conseguia sair da cama, por isso decidiu parar de tomar sua medicação em 10 de novembro de 1991, e passou a esperar pela morte. Em 22 de novembro, Freddie chamou o empresário do Queen, Jim Beach, e pediu que ele fizesse um comunicado a imprensa para divulgar sua doença, que foi lançado no dia seguinte.
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Cerca de vinte e quatro horas após o comunicado ser feito, durante a noite, Freddie faleceu vítima de broncopneumonia, acarretada pela AIDS. Seu funeral ocorreu em Londres três dias depois, assistido por trinta e cinco pessoas, incluindo a família de Freddie, os membros e o empresário do Queen, Mary Austin, Jim Hutton e poucas outras pessoas. O corpo do cantor foi cremado no Cemitério de Kensal Green, e suas cinzas foram entregues a Mary Austin, e apenas ela, Jim Hutton, a família do cantor e os membros do Queen sabem onde as cinzas foram depositadas, e nunca revelaram seu paradeiro.
Seguindo a enorme comoção da mídia nas últimas duas semanas, eu gostaria de confirmar que fui testado como soropositivo e tenho AIDS. Eu senti que era melhor manter isso privado até agora para proteger a mim e aqueles ao meu redor. No entanto chegou a hora de meus amigos e meus fãs saberem a verdade, e espero que todos se juntem a mim e aos meus médicos na luta contra essa terrível doença. Minha privacidade sempre foi importante para mim e sou famoso por minha falta de entrevistas, por favor, entendam que essa política continuará.
